Dépôt de tissus humains et analyse des tissus

Le Human Tissue Repository and Tissue Analysis Shared Resource (HTR-TASR) est financé conjointement par le Centre de cancérologie et le Département de pathologie. Ils ont été mis en place pour faciliter la recherche translationnelle du corps professoral du Centre de cancérologie, du Département de pathologie, de la Faculté de médecine et des instituts. Ce site Web décrit les services offerts et les coordonnées des membres du personnel du HTR-TASR qui peuvent vous conseiller sur la disponibilité des échantillons et tous les aspects de l'histologie et de la pathologie moléculaire.

Objectif

Faciliter l'acquisition, le stockage et la distribution d'échantillons de tissus humains de haute qualité aux chercheurs de l'UNM pour une utilisation dans des enquêtes scientifiques tout en respectant les principes et réglementations éthiques, scientifiques et législatifs appropriés.

Nous utilisons les Meilleures pratiques du NCI pour les ressources d'échantillons biologiques comme notre guide.

À propos de HTR-Tissu

La ressource partagée HTR-Tissue :

  • Bénéficie aux futurs patients en permettant aux chercheurs d'accéder à des tissus bien conservés et entretenus qui ne seraient peut-être pas disponibles autrement
  • Bénéficie à UNM HSC en renforçant la mission de fournir des soins de qualité aux patients en encourageant une recherche innovante et cliniquement précieuse
  • La fonction de courtier honnête du HTR dans la distribution d'échantillons anonymisés dépourvus des 18 identifiants personnels HIPAA protège les chercheurs contre les complications/violations potentielles de la HIPAA

Le TASR fournit une variété de service d'histologie, y compris le traitement et l'inclusion de paraffine, la coupe de paraffine et congelée, la coloration H&E, la coloration IHC, la construction de TMA, la numérisation de diapositives et l'analyse d'images.

Résumé des services HTR-TASR pour les demandes de subvention

Le Human Tissue Repository and Tissue Analysis Shared Resource (HTR-TASR) a la capacité d'exécuter un certain nombre de techniques et offre une variété de services sur une base de paiement à l'acte.

Le HTR-TASR collecte des tissus normaux et tumoraux correspondants, principalement à partir d'échantillons chirurgicaux restants, et les stocke soit congelés, soit sous forme de blocs fixés au formol et inclus dans la paraffine (FFPE). Les chercheurs peuvent demander les tissus, avec l'approbation requise du Human Research Protections Office (IRB) et du Scientific Review Committee (SRC).

Le HTR-TASR peut également fournir un certain nombre de services histologiques et moléculaires différents, tels que le sectionnement et la coloration H&E, l'immunohistochimie et l'immunofluorescence à l'aide de la plate-forme Ventana Discovery Ultra, la création de microarrays tissulaires (TMA) personnalisés, la numérisation de lames (champ clair) via l'Aperio AT2 et l'analyse d'images à l'aide de la plate-forme HALO™ (d'Indica Labs, siège social à Albuquerque, NM).

Différents types de traitement du sang sont disponibles, y compris la performance de la numération cellulaire et de la viabilité via le Nexelom Cellometer 1000.

Certains chercheurs ont besoin d'échantillons spécialement préparés ou ont des besoins spécifiques en matière d'échantillons. Pour ces études approuvées, le personnel du HTR prélèvera les échantillons et les traitera de manière prospective en fonction des besoins des chercheurs. Une réunion de faisabilité doit être organisée avec le responsable technique pour discuter des services souhaités.

Pour reconnaître l'utilisation de cette ressource partagée, veuillez inclure les éléments suivants dans vos publications :

Cette recherche a été partiellement financée par la subvention de soutien au centre de lutte contre le cancer UNM Comprehensive NCI P30CA118100 et a utilisé la ressource partagée Human Tissue Repository and Tissue Analysis, qui reçoit un soutien supplémentaire du département de pathologie de l'École de médecine de l'Université du Nouveau-Mexique.

Contacter HTR-Tissu

Téléphone: (505) 272-1127
Courriel : tissuebank@salud.unm.edu
Salles Fitz Hall 306B et 306C
École de médecine UNM HSC
Département de pathologie
MSC 08-4640
915 Chemin de Salud, NE
Albuquerque, NM 87131

Personnel HTR-TA

joste-nancy-cc.jpgNancy Joste, M.D.

Professeur et directeur du département de pathologie

Directrice médicale

Supervise les aspects de contrôle de la qualité de la ressource

Cathleen Martinez, PDCathleen Martinez PA

Directeur Technique

Supervise les aspects techniques de la ressource

Fred Schultz, M.A.Fred Schultz, M.A.

Gestion informatique

Services d'histologie et de pathologie moléculaire

Traitement des tissus, inclusion en paraffine et coupe en paraffine, ainsi que congélation instantanée des tissus et coupes congelées. Coloration H&E sur coupes en paraffine et congelées.

Le laboratoire peut colorer des coupes de tissus avec des anticorps standards en utilisant des protocoles déjà en place. Alternativement, le laboratoire peut travailler sur des anticorps à l'aide de la plate-forme VENTANA DISCOVERY qui permet de multiples combinaisons de coloration pour optimiser les résultats de coloration.

HER-2 et ER Image
Double coloration pour HER-2 et ER
Microarrays tissulaires HTR - e-cadhérine

Conception et construction de microréseaux tissulaires : cela implique la collecte de blocs de paraffine donneurs, la sélection des zones d'intérêt à carotter et le placement des carottes dans un bloc de paraffine receveur vierge. Les avantages résident dans la rapidité et le coût, car plusieurs échantillons peuvent être évalués sur une seule lame. Le TMA typique contient environ 50 à 200 noyaux de 0.6 mm à 2.0 mm de diamètre. Environ 50 sections peuvent être obtenues à partir d'un bloc TMA.

 

(À droite : E-cadhérine)

Le personnel du HTR-TASR peut récupérer des blocs de tissus d'archives de l'hôpital UNM.

Cela comprend généralement la collecte des tissus en excès ou restants au moment de la résection chirurgicale après que des échantillons de diagnostic ont été prélevés pour examen microscopique par le pathologiste chirurgical et suffisamment d'échantillons sont conservés dans de la paraffine pour d'éventuels tests futurs pour les soins aux patients. Le personnel du HTR-TASR prélèvera les tissus dans la salle de dissection brute de l'UNM HSC Surgical Pathology. À l'heure actuelle, le HTR n'effectue pas de ponctions veineuses mais mettra en banque de tels spécimens à la demande des chercheurs.

Les consultants du projet HTR-TASR peuvent collecter des données pathologiques et cliniques qui sont dépouillées des identifiants HIPAA tout en étant codées sur des échantillons correspondants.

L'analyse d'image

Les images de H&E ou de coupes de tissus colorées par immunohistochimie sont capturées sur le scanner numérique Leica AT2 et téléchargées sur le logiciel d'imagerie et d'annotation HALO.

Le logiciel HALO vous permet d'annoter le tissu (tumeur, stroma, muscle, graisse, etc.), puis de compter les cellules positives pour la protéine de choix (figure, à droite) dans chacune de ces régions annotées. Il vous permettra également d'analyser et de quantifier les interactions entre voisins les plus proches.

Le logiciel comprend un outil de création de figures qui peut créer des photos multi-panneaux d'images dans des formats publiables, y compris des cadres de référence et une barre d'échelle

Image des résultats quantitatifs

Cette figure montre la quantification de la coloration pour Ki67 dans le cancer du sein. Le panneau supérieur gauche montre l'échantillon de microréseau tissulaire, le panneau du milieu montre la coloration Ki67 (marron) sans le balisage HALO et le panneau de droite montre la même image avec le balisage HALO.

Le balisage montre une coloration de faible niveau (jaune), une coloration modérée (marron) et des niveaux élevés (rouge) de Ki67 dans le noyau des cellules tumorales. La coloration bleue correspond aux cellules négatives pour Ki67. Le logiciel peut compter indépendamment la coloration Ki67 dans la stomie de la tumeur.

Le tableau montre une lecture du nombre et du pourcentage de cellules dans chaque catégorie de coloration et l'histogramme montre la distribution de la coloration.

Comment faire une demande d'échantillons

Contact Cathy Martinez pour planifier.

Ouvrez votre compte dans iLab :

  1. Accédez à la Page de connexion iLabs.
  2. Dans le coin supérieur droit de l'écran, sélectionnez s'inscricre
  3. Remplissez le formulaire d'inscription sur la page d'inscription.
  4. Recevez un e-mail de bienvenue d'iLab avec les informations de connexion et les instructions

Demande de services dans iLab :

  1. Établissez une demande d'achat (PR) par l'intermédiaire de votre service. Envoyez le RP par e-mail à Palakshi Reddy Bandapalli en demandant qu'il soit ajouté sous votre laboratoire dans le système iLab.
  2. Allez à Connexion iLabs .
  3. Dans le coin supérieur droit de cette page, entrez votre nom d'utilisateur et votre mot de passe.
  4. Sous l’onglet « Demande de services », cliquez sur « Lancer la demande ».
  5. Remplissez le formulaire et fournissez les informations de paiement pour votre demande avant de soumettre la demande au HTR.
    1. Assurez-vous que le titre du projet et les numéros SRC/HRRC/IACUC correspondent à ceux figurant sur vos lettres d’approbation.
    2. Sous chaque catégorie de services, saisissez le numéro souhaité et cliquez sur l'onglet « Ajouter les services sélectionnés ». Les services seront ajoutés au bas du formulaire.
    3. Utilisez la case « Informations supplémentaires » pour ajouter des détails importants et joignez/téléchargez tous les documents pertinents, tels qu'une liste de spécimens ou une description d'orientation.
  6. Les demandes seront en attente d'examen par le HTR, qui apportera les modifications nécessaires et les soumettra à votre approbation. Vous recevrez un e-mail d'iLab concernant votre demande de projet mise à jour.
  1. Soumettez votre proposition au Comité d’examen scientifique (CRS). Contactez Ernestine Armijo pour vous guider dans ce processus.
  2. Une fois que le SRC approuve votre proposition, envoyez la lettre d'approbation avec votre candidature à l'UNM. Comité d'examen de la recherche humaine (HRRC) Comité d'examen institutionnel (IRB).

Pour naviguer dans le processus de demande de RIR :

  1. Sur le lien ci-dessus, cliquez sur le bouton « Cliquez sur IRB » à gauche
  2. Cliquez sur l'onglet IRB en haut de l'écran
  3. Cliquez sur le bouton « Créer une nouvelle étude » à gauche
  4. Remplir le formulaire
  5. À la question n°7, cliquez sur le lien pour accéder à la bibliothèque et sélectionnez le protocole approprié pour votre étude
    1. Si votre étude ne nécessite que des matériaux anonymisés, sélectionnez le protocole de catégorie 4 exempté (HRP-582). *Remarque : Les tissus de rebut anonymisés peuvent ne pas nécessiter de consentement
    2. Si votre étude ne nécessite pas l'obtention d'informations sur des individus vivants, sélectionnez Recherche sur des sujets non humains (HRP-585)
    3. Vous pouvez demander une soumission accélérée si votre étude ne porte que sur des échantillons qui ont été collectés uniquement à des fins autres que la recherche (comme un traitement médical et un diagnostic)
  6. Après l'approbation du HRRC, soumettez une demande de tissu au HTR via iLab. Vous téléchargerez vos lettres d'approbation SRC et IRB et aurez un PR actif dans le système.
  1. Contactez le HTR-TASR pour une séance de planification/faisabilité.
  2. Soumettez votre proposition au Comité d’examen scientifique (CRS). Contactez Ernestine Armijo pour obtenir des conseils sur ce processus.
  3. Une fois que le SRC a approuvé votre proposition, envoyez la lettre d'approbation avec votre candidature au Comité d'examen institutionnel (IRB) du Comité d'examen de la recherche sur les humains de l'UNM (HRRC) (voir les instructions ci-dessus).
  4. Contactez le HTR-TASR pour une session de planification supplémentaire (généralement nécessaire pour clarifier les détails du processus. Cette réunion comprend l'obtention de l'approbation du chef de division de pathologie chirurgicale pour assurer la disponibilité des échantillons tout en maintenant la conformité avec les réglementations nationales de laboratoire et les meilleurs soins aux patients.
  5. S'il vous reste du tissu après la clôture de votre enquête, vous devez le retourner au HTR
  1. Vous devez obtenir l'approbation du comité local d'examen de la recherche humaine si une partie des tissus collectés peut potentiellement être utilisée pour la recherche.
  2. Le chef de division de pathologie chirurgicale ou son représentant doit approuver la méthode de prélèvement des échantillons pour s'assurer qu'un tissu représentatif suffisant est conservé pour les soins cliniques

Inventaire

Site des tissus collectés

(Comprend les tissus d'archives de l'UNM et la collection prospective pour les enquêteurs pour des études spécifiques.)

  • Vessie, Sang, Os, Moelle osseuse, Cerveau, Sein
  • Paroi thoracique, colorectale
  • Diaphragme
  • Vésicule biliaire
  • Tête et cou
  • Rein
  • Foie, Poumon, Ganglion lymphatique
  • Médiastin
  • Omentum, Ovaire
  • Pancréas, Pénis, Péritoine, Prostate
  • Salive, glande salivaire, peau, intestin grêle, tissus mous, rate, estomac
  • Testicules, Thymus, Thyroïde
  • Utérus et col de l'utérus
  • Vagin/Vulve

Registre élargi du cancer du sein (EBCR)

Il s'agit d'une collection de tissus compliquée composée de plus de 400 patients consentants avec plusieurs moments et types de tissus collectés. Les éléments suivants ont été recueillis sur chaque patient :

  • 5 aliquotes de sérum maximum/participant/collecte (comme le temps de référence ou FUP)
  • 10 aliquotes de plasma maximum/participant/collecte
  • 10 aliquotes d'ADN de sang total/participant/collecte
  • 2 aliquotes d'ADN maximum provenant du bain de bouche ou de l'écouvillon/participant/collecte
  • tissu mammaire (aspirations à l'aiguille fine, flacons et moules OCT) - tous les cas sont différents.

Veuillez contacter le HTR-TASR pour une requête plus détaillée de cet ensemble de données.