Dépôt de tissus humains et analyse des tissus

La ressource partagée HTR-TA (Human Tissue Repository and Tissue Analysis) est gérée conjointement par le Centre de cancérologie de l'UNM et le Département de pathologie. La ressource partagée HTR-TA est certifié par le College of American Pathologists (CAP).

La ressource partagée HTR-TA a été créée pour faciliter la recherche translationnelle des enseignants du Centre de cancérologie de l'UNM, du Département de pathologie, de la Faculté de médecine et des autres instituts. Ce site web décrit les services proposés et les coordonnées des membres de la ressource partagée HTR-TA, qui peuvent vous conseiller sur la disponibilité des échantillons et sur tous les aspects de l'histologie et de la pathologie moléculaire.

Interet

La ressource partagée du référentiel de tissus humains et d'analyse de tissus (HTR-TA) soutient la recherche fondamentale et translationnelle sur le cancer en fournissant aux utilisateurs des tumeurs et des tissus normaux correspondants sous forme d'échantillons congelés ou fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE).

À propos de la ressource partagée HTR-TA

La ressource partagée HTR-TA :

  • Bénéficie aux futurs patients en permettant aux chercheurs d'accéder à des tissus bien conservés et entretenus qui ne seraient peut-être pas disponibles autrement
  • Bénéficie à UNM HSC en renforçant la mission de fournir des soins de qualité aux patients en encourageant une recherche innovante et cliniquement précieuse
  • La fonction de courtier honnête de la ressource partagée HTR-TA dans la distribution d'échantillons anonymisés dépourvus des 18 identifiants personnels HIPAA protège les chercheurs contre les complications/violations potentielles de la loi HIPAA.

La ressource partagée HTR-TA fournit plusieurs informations essentielles service d'histologie, comprenant:

  • traitement des tissus et inclusion en paraffine,
  • sectionnement,
  • Coloration H&E,
  • iimagerie immunohistochimique et numérique, et
  • analyse des sections colorées en plus de la mise en banque et de la libération des échantillons de tissus.

Les tissus sont prélevés après obtention du consentement. Ils sont conservés dans une base de données contenant également des informations sur le patient (par exemple, son nom, sa date de naissance et les catégories démographiques auto-identifiées), la provenance et le diagnostic des tissus, ainsi que d'autres variables, notamment la méthode de prélèvement, les temps d'ischémie et le traitement des tissus après leur réception par le HTR-TA.

Actuellement, le HTR-TA abrite plus de 60 000 échantillons biologiques, dont plus de 20 000 congelés et plus de 17 000 FFPE, ainsi que plus de 7 000 échantillons de sang (sang total, sérum, plasma et cellules congelées et cryoconservées).

La collection de tissus HTR-TA reflète les populations de la zone de captage de l'UNMCCC.

Résumé des services de ressources partagées HTR-TA pour les demandes de subvention

Le dépôt de tissus humains et la ressource partagée d'analyse de tissus (HTR-TA) ont la capacité d'exécuter un certain nombre de techniques et offrent une variété de services sur la base de frais de service.

La ressource partagée HTR-TA collecte des tissus normaux et tumoraux compatibles, principalement à partir de restes d'échantillons chirurgicaux, et les stocke congelés ou sous forme de blocs fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE). Les chercheurs peuvent demander ces tissus, sous réserve de l'approbation du Bureau de la protection de la recherche sur les humains (IRB) et du Comité d'examen scientifique (SRC).

La ressource partagée HTR-TA peut également fournir un certain nombre de services histologiques et moléculaires différents, tels que le sectionnement et la coloration H&E, l'immunohistochimie et l'immunofluorescence à l'aide de la plate-forme Ventana Discovery Ultra, la création de microarrays tissulaires personnalisés (TMA), la numérisation de lames (champ clair) via l'Aperio AT2 et l'analyse d'images à l'aide de la plate-forme HALO™ (d'Indica Labs, siège social à Albuquerque, NM).

Différents types de traitement du sang sont disponibles, y compris la performance de la numération cellulaire et de la viabilité via le Nexelom Cellometer 1000.

Certains chercheurs ont besoin d'échantillons spécialement préparés ou ont des besoins spécifiques en la matière. Pour ces études approuvées, le personnel de ressources partagées du HTR-TA prélèvera les échantillons de manière prospective et les traitera en fonction des besoins des chercheurs. Une réunion de faisabilité doit être organisée avec le responsable technique afin de discuter des services souhaités.

Pour reconnaître l'utilisation de cette ressource partagée, veuillez inclure les éléments suivants dans vos publications :

Cette recherche a été partiellement financée par la subvention NCI P30CA118100 du Centre complet de cancérologie de l'UNM et a utilisé la ressource partagée Human Tissue Repository & Tissue Analysis, qui reçoit un soutien supplémentaire du département de pathologie de la faculté de médecine de l'université du Nouveau-Mexique.

Contacter la ressource partagée HTR-TA

Téléphone: (505) 272-1127
Courriel : tissuebank@salud.unm.edu
Salles Fitz Hall 306B et 306C
École de médecine UNM HSC
Département de pathologie
MSC 08-4640
915 Chemin de Salud, NE
Albuquerque, NM 87131

Normes et accréditation des référentiels

Au centre de ressources partagées HTR-TA de l'UNM, nous nous engageons à maintenir les normes les plus strictes en matière de gestion des échantillons biologiques, d'assurance qualité et de contrôle éthique. Nos opérations respectent des directives rigoureuses et les meilleures pratiques établies par des organisations nationales et internationales de premier plan :

  • Institut national du cancer (NCI) – Direction de la recherche sur les biobanques et les biospécimens (BBRB)
    Nous adhérons aux normes BBRB Meilleures pratiques pour les ressources en biospécimens, qui fournissent des conseils complets sur la collecte, le traitement, le stockage et la distribution des échantillons biologiques afin de garantir la cohérence et l'intégrité scientifique.
    https://biospecimens.cancer.gov/default.asp
  • Société internationale pour les dépôts biologiques et environnementaux (ISBER)
    HTR s'aligne sur l'ISBER Bonnes pratiques pour les référentiels, un cadre internationalement reconnu pour la gestion et la gouvernance des biobanques soutenant la recherche dans les sciences biologiques et environnementales.
    https://www.isber.org/page/BPR
  • Programme d'accréditation des biobanques du College of American Pathologists (CAP)
    HTR est fier d'être accrédité par le CAP par le biais de son programme d'accréditation des biobanques, qui valide notre conformité aux normes de pointe de l'industrie en matière de qualité des biospécimens, de traçabilité et d'excellence opérationnelle.
    https://www.cap.org/laboratory-improvement/accreditation/biorepository-accreditation-program

Ces normes garantissent que nos échantillons biologiques et nos services soutiennent une recherche reproductible et de haute qualité et contribuent de manière significative aux progrès de la science du cancer et des soins aux patients.

Ressources partagées HTR-TA Personnel

joste-nancy-cc.jpgNancy Joste, M.D.

Professeur et directeur du département de pathologie

Directrice médicale

Supervise les aspects de contrôle de la qualité de la ressource

Cathleen Martinez, PDCathleen Martinez PA

Directeur Technique

Supervise les aspects techniques de la ressource

Fred Schultz, M.A.Fred Schultz, M.A.

Gestion informatique

Services d'histologie et de pathologie moléculaire

Traitement des tissus, inclusion en paraffine et coupe en paraffine, ainsi que congélation instantanée des tissus et coupes congelées. Coloration H&E sur coupes en paraffine et congelées.

Le laboratoire peut colorer des coupes de tissus avec des anticorps standards en utilisant des protocoles déjà en place. Alternativement, le laboratoire peut travailler sur des anticorps à l'aide de la plate-forme VENTANA DISCOVERY qui permet de multiples combinaisons de coloration pour optimiser les résultats de coloration.

HER-2 et ER Image
Double coloration pour HER-2 et ER
Microarrays tissulaires HTR - e-cadhérine

Conception et construction de microréseaux tissulaires : cela implique la collecte de blocs de paraffine donneurs, la sélection des zones d'intérêt à carotter et le placement des carottes dans un bloc de paraffine receveur vierge. Les avantages résident dans la rapidité et le coût, car plusieurs échantillons peuvent être évalués sur une seule lame. Le TMA typique contient environ 50 à 200 noyaux de 0.6 mm à 2.0 mm de diamètre. Environ 50 sections peuvent être obtenues à partir d'un bloc TMA.

 

(À droite : E-cadhérine)

Le personnel des ressources partagées du HTR-TA peut récupérer des blocs de tissus d'archives de l'hôpital UNM.

Il s'agit généralement de recueillir les tissus excédentaires ou résiduels laissés au moment de la résection chirurgicale, après prélèvement d'échantillons diagnostiques pour examen microscopique par un anatomopathologiste chirurgical. Une quantité suffisante d'échantillons est conservée dans de la paraffine pour d'éventuels tests ultérieurs pour les soins aux patients. Le personnel de la ressource partagée HTR-TA prélèvera les tissus dans la salle de dissection macroscopique du service de pathologie chirurgicale de l'UNM HSC. Actuellement, la ressource partagée HTR-TA ne pratique pas de ponctions veineuses, mais conserve ces échantillons à la demande des chercheurs.

 Les consultants du projet de ressources partagées HTR-TA peuvent collecter des données pathologiques et cliniques qui sont débarrassées des identifiants HIPAA tout en étant codées sur des échantillons correspondants.

L'analyse d'image

Les images de H&E ou de coupes de tissus colorées par immunohistochimie sont capturées sur le scanner numérique Leica AT2 et téléchargées sur le logiciel d'imagerie et d'annotation HALO.

Le logiciel HALO vous permet d'annoter le tissu (tumeur, stroma, muscle, graisse, etc.), puis de compter les cellules positives pour la protéine de choix (figure, à droite) dans chacune de ces régions annotées. Il vous permettra également d'analyser et de quantifier les interactions entre voisins les plus proches.

Le logiciel comprend un outil de création de figures qui peut créer des photos multi-panneaux d'images dans des formats publiables, y compris des cadres de référence et une barre d'échelle

Image des résultats quantitatifs

Cette figure montre la quantification de la coloration pour Ki67 dans le cancer du sein. Le panneau supérieur gauche montre l'échantillon de microréseau tissulaire, le panneau du milieu montre la coloration Ki67 (marron) sans le balisage HALO et le panneau de droite montre la même image avec le balisage HALO.

Le balisage montre une coloration de faible niveau (jaune), une coloration modérée (marron) et des niveaux élevés (rouge) de Ki67 dans le noyau des cellules tumorales. La coloration bleue correspond aux cellules négatives pour Ki67. Le logiciel peut compter indépendamment la coloration Ki67 dans la stomie de la tumeur.

Le tableau montre une lecture du nombre et du pourcentage de cellules dans chaque catégorie de coloration et l'histogramme montre la distribution de la coloration.

Comment faire une demande d'échantillons

Contact Cathy Martinez pour planifier.

Ouvrez votre compte dans iLab :

  1. Accédez à la Page de connexion iLabs.
  2. Dans le coin supérieur droit de l'écran, sélectionnez inscrivez-vous
  3. Remplissez le formulaire d'inscription sur la page d'inscription.
  4. Recevez un e-mail de bienvenue d'iLab avec les informations de connexion et les instructions

Demande de services dans iLab :

  1. Établissez une demande d'achat (PR) par l'intermédiaire de votre service. Envoyez le RP par e-mail à Palakshi Reddy Bandapalli en demandant qu'il soit ajouté sous votre laboratoire dans le système iLab.
  2. Rendez-vous dans la section Connexion iLabs .
  3. Dans le coin supérieur droit de cette page, entrez votre nom d'utilisateur et votre mot de passe.
  4. Sous l’onglet « Demande de services », cliquez sur « Lancer la demande ».
  5. Remplissez le formulaire et fournissez les informations de paiement pour votre demande avant de soumettre la demande à la ressource partagée HTR-TA.
    1. Assurez-vous que le titre du projet et les numéros SRC/HRRC/IACUC correspondent à ceux figurant sur vos lettres d’approbation.
    2. Sous chaque catégorie de services, saisissez le numéro souhaité et cliquez sur l'onglet « Ajouter les services sélectionnés ». Les services seront ajoutés au bas du formulaire.
    3. Utilisez la case « Informations supplémentaires » pour ajouter des détails importants et joignez/téléchargez tous les documents pertinents, tels qu'une liste de spécimens ou une description d'orientation.
  6. Les demandes seront examinées par la ressource partagée HTR-TA, qui apportera les modifications nécessaires et vous les soumettra pour approbation. Vous recevrez un courriel d'iLab concernant votre demande de projet mise à jour.
Pour utiliser des échantillons précédemment conservés en banque :
  1. Soumettez votre proposition au Comité d’examen scientifique (CRS). Contactez Ernestine Armijo pour vous guider dans ce processus.
  2. Remplissez la demande SRC (HRP-224), avec toutes les signatures requises et soumettez-la au SRC.
  3. Une fois que le SRC approuve votre proposition, soumettez la lettre d'approbation avec votre demande à l'UNM Comité d'examen de la recherche humaine (HRRC) Comité d'examen institutionnel (IRB).

Pour naviguer dans le processus de demande de RIR :

  1. Sur le lien ci-dessus, cliquez sur le bouton « irb.health.unm.edu » en bas de la page.
  2. Cliquez sur l'onglet IRB en haut de l'écran
  3. Cliquez sur le bouton « Créer une nouvelle étude » à gauche
  4. Remplir le formulaire
  5. À la question n° 7, cliquez sur le lien « Bibliothèque IRB » et sélectionnez le protocole approprié pour votre étude.
    1. Si votre étude ne nécessite que du matériel anonymisé, sélectionnez le protocole d'exemption de catégorie 4 (HRP-582). *Remarque : Le consentement peut ne pas être requis pour les tissus anonymisés mis au rebut.
    2. Si votre étude ne nécessite pas l'obtention d'informations sur des individus vivants, sélectionnez Recherche sur des sujets non humains (HRP-585)
    3. Vous pouvez demander une soumission accélérée si votre étude ne porte que sur des échantillons qui ont été collectés uniquement à des fins autres que la recherche (comme un traitement médical et un diagnostic)
  6. Si vous avez besoin d'aide pour naviguer dans le processus de candidature IRB ou pour identifier le protocole qui répond le mieux aux besoins de votre projet, veuillez contacter Ernestine Armijo pour obtenir de l'assistance

Après approbation du CRHR, soumettez une demande de tissus à la ressource partagée HTR-TA via iLab. Vous devrez télécharger vos lettres d'approbation du CRSR et du CISR, et soumettre une demande d'achat (PR) active.

Naviguer dans iLab :

  1. Accédez à https://my.ilabsolutions.com/service_center/show_external/3041.
  2. Dans le coin supérieur droit de l’écran, sélectionnez S’inscrire.
  3. Remplissez le formulaire d'inscription.
  4. Recevez un e-mail de bienvenue d'iLab avec vos identifiants de connexion et vos instructions.

Demande de services dans iLab :

  1. Soumettre une demande d'achat (PR) à Palakshi Bandapalli en demandant qu'il soit ajouté à votre compte iLab pour une utilisation sur les services HTR.
  2. Allez dans https://my.ilabsolutions.com/service_center/show_external/3041.
  3. Dans le coin supérieur droit de la page, cliquez sur « Connexion » et saisissez votre nom d’utilisateur et votre mot de passe.
  4. Sous l’onglet « Demandes de service », cliquez sur « lancer une demande » à côté de la demande de service de partage de ressources d’analyse et de dépôt de tissus humains.
  5. Remplissez le formulaire, y compris les lettres d'approbation SRC/IRB/IACUC appropriées, et sélectionnez le numéro RP dans le menu déroulant. Cliquez sur « Envoyer la demande ».
  6. La demande sera en attente d'examen par le HTR. Les modifications nécessaires seront apportées et renvoyées pour approbation.
  7. Les courriels d’iLab transmettront l’état d’avancement du projet.
  1. Contactez la ressource partagée HTR-TA pour une séance de planification/faisabilité.
  2. Soumettez votre proposition au Comité d’examen scientifique (CRS). Contactez Ernestine Armijo pour obtenir des conseils sur ce processus.
  3. Une fois que le SRC a approuvé votre proposition, envoyez la lettre d'approbation avec votre candidature au Comité d'examen institutionnel (IRB) du Comité d'examen de la recherche sur les humains de l'UNM (HRRC) (voir les instructions ci-dessus).
  4. Contactez la ressource partagée HTR-TA pour une séance de planification supplémentaire (généralement requise pour clarifier les détails du processus). Cette réunion comprend l'obtention de l'approbation du chef de division de pathologie chirurgicale pour garantir la disponibilité des échantillons tout en maintenant la conformité avec les réglementations nationales des laboratoires et les meilleurs soins aux patients.
  5. S'il vous reste des tissus après la clôture de votre enquête, vous devez les retourner à la ressource partagée HTR-TA.
  1. Vous devez obtenir l'approbation du comité local d'examen de la recherche humaine si une partie des tissus collectés peut potentiellement être utilisée pour la recherche.
  2. Le chef de division de pathologie chirurgicale ou son représentant doit approuver la méthode de prélèvement des échantillons pour s'assurer qu'un tissu représentatif suffisant est conservé pour les soins cliniques

Inventaire

Site des tissus collectés

(Comprend les tissus d'archives de l'UNM et la collection prospective pour les enquêteurs pour des études spécifiques.)

  • Vessie, Sang, Os, Moelle osseuse, Cerveau, Sein
  • Paroi thoracique, colorectale
  • Diaphragme
  • Vésicule biliaire
  • Tête et cou
  • Rein
  • Foie, Poumon, Ganglion lymphatique
  • Médiastin
  • Omentum, Ovaire
  • Pancréas, Pénis, Péritoine, Prostate
  • Salive, glande salivaire, peau, intestin grêle, tissus mous, rate, estomac
  • Testicules, Thymus, Thyroïde
  • Utérus et col de l'utérus
  • Vagin/Vulve

Contactez-nous pour connaître les tarifs actuels et une liste mise à jour des anticorps optimisés.

Registre élargi du cancer du sein (EBCR)

Il s'agit d'une collection de tissus compliquée composée de plus de 400 patients consentants avec plusieurs moments et types de tissus collectés. Les éléments suivants ont été recueillis sur chaque patient :

  • 5 aliquotes de sérum maximum/participant/collecte (comme le temps de référence ou FUP)
  • 10 aliquotes de plasma maximum/participant/collecte
  • 10 aliquotes d'ADN de sang total/participant/collecte
  • 2 aliquotes d'ADN maximum provenant du bain de bouche ou de l'écouvillon/participant/collecte
  • tissu mammaire (aspirations à l'aiguille fine, flacons et moules OCT) - tous les cas sont différents.

Veuillez contacter la ressource partagée HTR-TA pour une requête plus détaillée de cet ensemble de données.