Bioinformatique et science des données

La ressource partagée de bioinformatique et de science des données (BDS) de l'UNMCCC soutient la recherche fondamentale, translationnelle et clinique sur le cancer en fournissant une suite complète de services informatiques et analytiques.

Ces services comprennent

  • conception et développement de la recherche,
  • analyse des données de séquençage de nouvelle génération (NGS),
  • transcriptomique unicellulaire et spatiale,
  • chimioinformatique,
  • informatique du cancer et
  • méthodologies statistiques et de science des données avancées.
Image bioinformatique

Les membres du BDS travaillent en étroite collaboration avec les Génomique analytique et translationnelle et la Biostatistique Ressources partagées pour améliorer l’acquisition de connaissances à partir de données NGS et d’autres données génomiques et transcriptomiques.

La ressource partagée BDS

  • fournit une infrastructure critique pour le stockage de données, le calcul haute performance et les solutions basées sur le cloud, y compris l'intégration AWS via le programme NIH STRIDES, et
  • gère CRIIS, une plate-forme informatique unique sur le cancer intégrant des données cliniques, génomiques, de registre des tumeurs et sociodémographiques qui a été développée en collaboration avec une société locale d'analyse de données avec le soutien de l'UNMCCC et de l'État du Nouveau-Mexique.

Ressource partagée en bioinformatique

Jeremy Edwards, Ph.D.

co-directeur

Envoyer un e-mail au Dr Edwards

Chris Amos, Ph. D.

co-directeur

Kathryn (Charlie) Brayer, Ph.D.

Bioinformaticien, Analyse de données

Olufunmilola (Funmi) Oyebamiji, MS

Bioinformaticien, Analyse de données

Inigo San Gil, Ph.D.

Spécialiste des services informatiques

Xiangjun Xiao, MS

Scientifique principal des données

Centre de recherche sur le cancer (CRF) : Rez-de-chaussée, salle 100A

Pour reconnaître l'utilisation de cette ressource partagée, veuillez inclure les éléments suivants dans vos publications :

Cette recherche a été partiellement financée par la subvention de soutien au centre de lutte contre le cancer UNM Comprehensive NCI P30CA118100 et la ressource partagée Bioinformatique et analyse de données de grande dimension.

Objectifs spécifiques de la bioinformatique et de la science des données

Objectif 1 : Fournir un soutien en matière d’informatique, d’analyse et de gestion des connaissances via des services, des technologies, des équipements et une expertise rentables pour soutenir les trois programmes de recherche de l’UNMCCC.

La priorité du BDS est de fournir aux membres de l'UNMCCC un accès à une expertise en analyse de données complexes et de grande dimension, ainsi que de soutenir les logiciels, les besoins informatiques et les connaissances intégratives nécessaires à la réalisation des objectifs de recherche des trois programmes de recherche de l'UNMCCC. Grâce aux progrès de la génomique, notamment spatiale, le BDS anticipe un besoin accru d'analyse de données omiques complexes.

Grâce à un modèle collaboratif, en coordination avec l'ATG et les Ressources partagées en biostatistique, le BDS offre aux chercheurs un moyen économique de concevoir des études, puis d'analyser des données complexes et spécialisées, leur donnant accès à des informations sur les méthodes et les capacités d'analyse de données spécialisées. De plus, le BDS gérera l'accès au CRIIS et formera les membres de l'UNMCCC à son utilisation, en leur fournissant des conseils sur l'analyse et l'interprétation des données.

Objectif 2 : Développer des outils et des pipelines bioinformatiques personnalisés adaptés aux besoins de recherche de l'UNMCCC.

Le BDS continuera de développer des outils étroitement adaptés aux besoins des membres du Centre de cancérologie, notamment en biologie spatiale. De plus, le BDS jouera un rôle essentiel dans l'amélioration de l'utilité du CRIIS, en développant une plateforme sécurisée d'analyse, de stockage et de diffusion des données pour les informations de santé identifiables des patients et les données génomiques générées par l'UNMCCC.

Objectif 3 : Fournir une éducation et promouvoir la sensibilisation aux technologies et services bioinformatiques.

Les directeurs du BDS contribuent à une newsletter trimestrielle qui présente et explique les services et technologies du BDS, et aident les utilisateurs à préparer des demandes de subventions compétitives impliquant des analyses de données complexes ou de grande dimension. Ils participent au programme de recherche et aux autres réunions de l'UNMCCC pour apporter leur expertise, leurs conseils et des informations sur les technologies et services disponibles dans le BDS, ainsi que sur les dernières avancées en bioinformatique. Le directeur Edwards est fortement impliqué dans le programme d'études supérieures en bioinformatique de l'École d'ingénierie de l'UNM et donne également des cours de bioinformatique dans le cadre d'un cours de base destiné aux étudiants de troisième cycle.

Corps Enseignant et Personnel

Image d'EdwardsJeremy Edwards, Ph.D.

Codirecteur de la ressource partagée en bioinformatique et science des données

Professeur de chimie et de biologie chimique

Professeur de génie chimique et biologique

Professeur de Génétique Moléculaire et Microbiologie

Éducation et formation

Formation postdoctorale en génétique, Harvard Medical School

Doctorat en bio-ingénierie, Université de Californie à San Diego

MS Bioingénierie, Université de Californie à San Diego

BS génie mécanique, Université du Texas Arlington

Intérêts de recherche

Bioinformatique, technologies du génome, technologie de séquençage de nouvelle génération, biologie des systèmes, régulation spatiale des voies de signalisation.

amos-chris-600px.jpgChristopher Amos, Ph. D.

Responsable des initiatives en science des données du HSC

Directeur associé de l'UNMCCC pour la population et la science des données

Codirecteur de la ressource partagée en bioinformatique et science des données

Professeur, Département de médecine interne de l'UNM, Division d'épidémiologie, de biostatistique et de médecine préventive

Éducation et formation

Certification du conseil, génétique médicale

Formation postdoctorale, programme de formation inter-instituts en génétique médicale aux National Institutes of Health

Ph.D., biométrie et génétique, Centre médical de l'Université d'État de Louisiane

MS, Biométrie et génétique, Centre médical de l'Université d'État de Louisiane

Licence, Collège Reed. 

Intérêts de recherche

Le Dr Amos a consacré une grande partie de sa carrière au développement et à la mise en œuvre de méthodes permettant de comprendre les influences génétiques et environnementales sous-jacentes à l’étiologie des cancers courants.