Génomique analytique et translationnelle

L'ATG est accessible à tous les chercheurs de l'Université du Nouveau-Mexique (UNM) et de ses institutions associées. Il est néanmoins essentiel de fournir une citation pour la référence P30CA118100 et de mentionner également l'ATG, ainsi que les autres ressources partagées de l'UNMCCC ayant servi à la production des données.

Afin de créditer nos contributions, nous vous demandons de bien vouloir inclure le texte suivant dans la section des remerciements de vos manuscrits :

Cette étude a reçu un financement partiel de la subvention de soutien au centre de lutte contre le cancer de l'UNM NCI P30CA118100 et a utilisé la ressource partagée de génomique analytique et translationnelle..

Services, technologies et équipements clés

ADN-seq et ARN-seq à haut débit. ATG propose le séquençage du génome entier, l'ARN-seq en vrac, le ChIP-seq, le RIP-seq, l'analyse de l'exome et des petits ARN grâce au séquenceur Singular Genomics G4. Les matériaux de départ peuvent inclure des cellules, de la salive, du sang et des échantillons pathologiques FFPE ou fraîchement congelés. 

Séquençage génomique unicellulaire 10x. À l'aide du contrôleur 10x Genomics Chromium, d'un compteur de cellules automatisé Countess II et d'un dissociateur Miltenyi gentleMACS Octo pour créer des suspensions unicellulaires, le personnel d'ATG prépare les échantillons et construit les bibliothèques NGS pour le NGS d'ADN et d'ARN.

10x Visium-HD et Xenium in situ pour l'analyse du transcriptome entier et de l'expression génique ciblée. En partenariat avec la ressource partagée HTR-TA (Human Tissue Repository & Tissue Analysis), l'ATG propose une analyse spatiale du transcriptome complet des tissus frais congelés et FFPE grâce aux technologies d'expression génique spatiale in situ Visium-HD et Xenium de 10x Genomics. L'expression génique spatiale Visium-HD délimite le transcriptome complet de coupes de tissus entières, offrant un contexte morphologique et une haute résolution cellulaire. Xenium in situ permet la cartographie subcellulaire à haut débit de jusqu'à 5 000 gènes et de protéines multiplexées au sein d'un même segment de tissu, obtenue en collaboration avec HTR-TA pour la préparation des échantillons.

Analyse des données NGS, scRNA-seq et interactions avec les ressources partagées de biostatistique et de bioinformatique et science des données (BDS). L'ATG collabore avec les ressources partagées de biostatistique et de BDS pour établir des analyses de contrôle qualité et développer des pipelines d'analyse de données pour les données G4-Singular, notamment la détection de variants mononucléotidiques (SNV) dans les échantillons d'ADN, l'analyse de l'expression génétique, l'analyse des variants dans l'ARN, les données scRNA-seq, la détection de transcrits de fusion dans l'ARN-seq et l'analyse des variants du nombre de copies (CNV). Les fichiers traités sont stockés sur notre compte cloud AWS sécurisé et utilisés pour les analyses en aval par l'équipe de l'ATG ou du BDS, à l'aide de scripts R personnalisés. Le directeur technique de l'ATG, Brayer, joue un double rôle : bioinformaticien senior et agent de liaison avec les ressources partagées de biostatistique et de BDS, afin de faciliter la conception des études et l'analyse des données.

Stockage et calcul de données. L'ATG gère un compte AWS sécurisé, conforme à la loi HIPAA et approuvé par l'IRB, où de grands ensembles de données peuvent être stockés et analysés. Toutes les données sont anonymisées, chiffrées lors du transfert et du stockage. Seuls les utilisateurs autorisés y ont accès, ce qui nécessite une authentification à deux facteurs. Pour la sécurité des données génomiques, l'ATG adhère aux politiques décrites dans les Bonnes pratiques de sécurité des NIH pour les données à accès contrôlé, sous réserve de la politique de partage des données génomiques des NIH.

Autres services. L'ATG est équipé d'un bioanalyseur Agilent, d'un fluorimètre Qubit, d'un dissociateur Miltenyi gentleMACs Octo avec éléments chauffants (pour la génération de suspensions de cellules individuelles à partir de tissus), d'un compteur de cellules automatisé Countess II et d'un ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR, tous mis à la disposition des membres de l'UNMCCC. Un robot d'extraction d'ADN/ARN Qiagen EZ2 est disponible pour l'extraction automatisée d'acides nucléiques à haut volume.

ATG peut séquencer les types suivants :

• Détection de mutations ou de variantes génétiques. Cela pourrait impliquer d'évaluer le niveau de mutations génétiques dans une tumeur, d'analyser les variations génétiques spécifiques d'un cancer ou d'une maladie particulière, ou d'évaluer la façon dont les cellules réagissent aux dommages à l'ADN après une blessure ou un traitement. Généralement, cela est réalisé en utilisant un séquençage ciblé de panels de gènes pour analyser les gènes liés au cancer ou à certaines maladies.
• Études sur l'expression des gènes. Profilage transcriptionnel de cellules, de tissus, d'organoïdes ou d'échantillons de patients, soit sous forme de cellules individuelles, soit en plus grandes quantités.
• Une gamme de tests d'analyse de l'état de la chromatine, des études de méthylation de l'ADN aux tests ATAC en passant par ChIP-seq, sont disponibles.
• Étudier les ARN non codants tels que les ARNnc, les ARNlinc, les miARN et les ARNt.

Veuillez contacter Kel Cook (kelcook@salud.unm.edu) ou Kathryn Brayer (kbrayer@salud.unm.edu) pour planifier une consultation.

Le séquenceur Singular Genomics G4

• Séquenceur flexible et rapide
• Capable de produire jusqu'à 1.6 milliard de lectures 2 x 150 pb en 24 heures
• Peut être configuré pour une variété de longueurs de lecture
• Compatible avec presque toutes les bibliothèques pouvant être séquencées sur les instruments Illumina.

Pour plus d’information : https://www.singulargenomics.com/

Le 10x Genomics Chromium iX

• Partitionne les cellules ou les noyaux pour le séquençage unicellulaire
• Capture l'ARN, les protéines et/ou la chromatine
• Analyser l'expression des gènes, le répertoire des cellules immunitaires, l'accessibilité de la chromatine, les perturbations CRISPR
• Les entrées varient selon le test, mais incluent les suspensions de cellules vivantes, les noyaux, les cellules fixées, les tissus congelés et les blocs FFPE. Tests indépendants des espèces disponibles

Pour plus d’information : https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series

L'analyseur 10x Genomics Xenium

• Plateforme d'imagerie transcriptomique spatiale
• Résolution sous-cellulaire
• Capable de capturer jusqu'à 5,000 XNUMX gènes
• Plusieurs panels de gènes préconçus qui peuvent être personnalisés davantage (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)

Pour plus d’information : https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium

Le CytAssist génomique 10x

• Facilite les tests de transcriptomique spatiale Visium et Visium HD
• Partez de blocs FFPE ou de sections FFPE prédécoupées et fraîchement surgelées
• Compatible avec les coupes colorées H&E ou par immunofluorescence

Pour plus d’information : https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist

• Bioanalyseur Agilent: Analyser la qualité/quantité de l'ADN et de l'ARN en utilisant un minimum d'intrants. (https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
• Fluoromètre Qubit II: Quantification de l'ADN et de l'ARN.
• ThermoFisher/Invitrogen Countess II: Compter les cellules et quantifier la proportion de cellules vivantes dans un échantillon.

• Miltenyi Biotec doux MACS Octo dissociateur avec radiateurs: Dissocier les échantillons de tissus avant le séquençage unicellulaire.
• Qiagen EZ2: Extraction automatisée d’ADN et d’ARN.
• ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR. Système PCR en temps réel avec blocs de 96 et 384 puits pour permettre flexibilité et facilité dans les analyses d'expression génétique.

Certains instruments sont disponibles pour être utilisés par des membres qualifiés et formés de la communauté UNM. Les instruments partagés sont disponibles pendant les heures normales de travail et à d’autres moments sur arrangement spécial. Veuillez contacter le personnel de l'ATG Facility pour plus d'informations sur les tests et les prix.